2012년 조세특례 및 제한에 관한 기본계획

2012. 3.

기  획  재  정  부

목    차

Ⅰ. 2012년도 조세정책 기본방향	1

Ⅱ. 최근의 국세감면 현황 및 문제점	2

Ⅲ. 2012년 조세특례제도의 운용방향	3

1.  기존 비과세․감면제도의 정비

2.  조세감면의 사전․사후관리 강화

Ⅵ. 협조사항	5

< 별첨1 > 조세감면건의서 양식 / 7

< 별첨2 > 조세감면평가서 양식 / 9

< 별첨3 > 2012년 일몰도래 감면제도 현황 / 11

I . 2012년도 조세정책 기본방향

□ 금년도 경제정책은 “경제활력 제고와 서민생활 안정”을 토대로 공생발전 기반을 정착시키는 데 중점

< 2012년도 경제정책방향과 과제 >

2대 목표	중점 추진과세
1. 경제활력 제고	① 글로벌 재정위기에 선제 대응 ② 내수 활력 제고 ③ 포스트 무역 1조불 시대 준비 ④ 미래를 위한 투자 가속화
2. 서민생활 안정	① 생활물가 안정 ② 청년 내일 만들기 ③ 교육․주거․의료 3대 생계비 경감 ④ 일하는 복지와 맞춤형 복지 강화

□ 이에 따라 금년도 조세정책은

① 경제활력 제고를 위해 R&D․투자․창업 관련 조세지원제도의 실효성을 제고하고 저출산․고령화에 대비한 조세체계 정비

② 서민생활 안정을 지원하기 위해 물가안정 세제지원, 주거비 소득공제확대, 장기펀드 세제혜택 신설, 자영업자에 대한 근로장려세제(EITC) 확대 등 추진 검토

③ 재정건전성 제고를 위해 실효성이 낮은 비과세․감면제도 정비 및 면세유 탈루 방지 등 세원 양성화 추진

④ 조세체계 단순화․효율화를 위해 금융소득 및 퇴직․연금소득 과세체계 개편방안 마련

Ⅱ . 최근 국세감면 현황 및 문제점

□ 국세감면규모

ㅇ 비과세․감면의 지속적 정비로 국세감면율은 줄어들고 있으나 감면규모는 여전히 높은 수준

- 새로운 감면요구를 반영하여 감면항목은 지속적으로 증가

※ 연도별 국세감면 추이 (단위:조원)

구 분	2008	2009	2010	2011(잠정)	2012(전망)
국세수입액(A)	167.3	164.5	177.7	192.8	205.9
국세감면액(B)	28.8	31.1	30.0	30.6	32.0
(B/A+B)	14.7%	15.8%	14.4%	13.7%	13.4%
증감항목수	-7,+16	-18,+25	-14,+15	-9,+14	-

* 증감항목수 : -는 폐지, +는 신설된 감면항목임

□ 국세감면의 항구화․기득권화로 정비에 어려움

ㅇ 일단 신설된 비과세․감면제도는 축소․폐지되지 않고 일몰연장 (73.8%. ‘11년 일몰기준)되어 항구화․기득권화되는 경향

ㅇ 조세감면 신설․확대를 요구하는 부처건의 및 의원입법안 매년 증가

* 조세감면 건의 건수 : (‘08)170건→ (’09)185건→ (‘10)157건→ (‘11)211건

* 의원입법안 발의 건수 : (‘08)75건→ (’09)90건→ (‘10) 57건→ (‘11)120건

□ 조세특례제도의 실효성 등에 대한 평가 미흡

ㅇ ｢조세특례제한법｣․｢국가재정법｣상 중앙행정기관의 장은 조세감면이 필요한 사항에 대한 정책목적․효과 등 분석결과,  재원조달방안 등을 기획재정부 장관에게 제출하여야 하나,

- 대부분의 중앙행정기관은 재원조달방안(기존 조세감면․재정지출 축소 등)에 대한 검토없이 조세특례 확대만을 요구하는 경향 지속

Ⅲ . 2012년 조세특례제도 운용방향

1		기존 비과세․감면제도의 정비

ㅇ 금년에 일몰이 도래하는 감면항목은 총 감면항목(201개)의 50%에 해당하는 101개(조특법 94개, 부가가치세법 등 7개)로 비과세․감면 정비를 중점 추진

ㅇ 비과세․감면 정비기준

- 도입목적을 달성하였거나 이용실적이 미미한 감면제도 축소․폐지

- 조세특례 대상이 포괄적이거나 민간의 의사결정에 인센티브로서의 역할을 못하는 단순 보조금 성격의 감면제도 정비

- 국제기준에 맞지 않거나 그동안의 변경된 사회․경제흐름에 맞지 않은 감면제도 정비

- 예산․금융 및 법적 규제 등 다른 대체 수단이 목적달성에 효과적이거나 중복․과다지원되는 감면제도 합리화

- 조세감면평가서를 제출하지 않았거나 부실하게 작성한 경우에는 우선 정비

ㅇ 성장잠재력 확충 등 경제활력 제고 및 서민생활 안정 지원을 위해 세제지원이 필요한 제도는 실효성을 제고하여 유지

ㅇ 중요한 감면제도는 일몰도래와 관계없이 조세감면평가서 작성대상에 추가하여 적극적으로 정비 검토

- 현행 조세지출예산서에는 포함되어 있지 않으나 관리 필요성이 높은 사항도 대상에 추가

2		조세감면의 사전․사후관리 강화

□ 성과관리체계 구축

ㅇ 일반 재정사업과 다른 조세지출의 특성을 충분히 고려하여 성과관리체계 구축 추진

※ 조세지출을 세출예산에 연계할 수 있는 mapping 작업을 4월중 수행할 예정

□ 조세특례 자율평가 강화

ㅇ 현행 「조세특례제한법」 제142조 등에 근거, 각 소관부처는 표준화된 지침에 따라 세제지원의 성과 등을 자율적으로 평가

* 기획재정부는 자율평가 결과에 대한 확인․점검을 거쳐 미흡한 조세지출에 대해서는 우선적으로 축소․폐지를 검토

□ 조세특례 심층평가 제도 신설

ㅇ 운용과정에서 문제가 제기된 비과세․감면 등에 대해서는 별도의 심층적인 분석․평가 등을 통해 제도적 기반 마련

※ 조세특례 사전․사후 관리제도

① 조세감면건의서 제출(｢조세특례제한법｣ 제142조)

․중앙행정기관의 장은 조세감면이 필요하다고 인정되는 사항에 대해 조세감면 목적, 정책효과, 연도별 예상 세수효과 등을 포함한 조세감면건의서(해당분야 전문연구기관의 의견서 첨부)를 매년 5.31일까지 제출

② 조세감면평가서 제출(｢조세특례제한법｣ 제142조 및 동법 시행령 제135조)

․조세특례 중 일몰도래, 시행 후 2년이 경과되지 않은 사항, 기존 조세특례범위를 확대하려는 사항, 기본계획에 재검토 필요사항으로 열거된 사항 등에 대하여 중앙행정기관의 장은 조세감면으로 인한 효과분석 등에 대한 의견서를 매년 5.31일까지 제출

③ 조세감면의 제한(｢국가재정법｣ 제88조)

․각 중앙관서의 장은 새로운 국세감면 요청시 기존 국세감면의 축소․폐지방안, 재정지출 축소방안 등을 작성하여 제출

Ⅳ . 협조사항

1		조세감면건의서 제출

□ 건의대상 감면제도

ㅇ 국정과제, 경제 활성화, 사회정책 등의 효율적 추진을 위해 조세감면이 반드시 필요한 사항

ㅇ 감면제도 운영과정에서 발견된 불합리한 사항의 수정

□ 조세감면 우선순위 부여 의무화

ㅇ 부처별로 건의하는 감면제도는 지원타당성․실효성, 대체재원마련 가능성 등을 평가하여 조세감면 필요성이 높은 것부터 우선순위를 부여하여 제출

- 부여된 우선순위는 조세감면 신설 필요성 판단시 검토기준으로 활용

□ 검토대상에서 배제되는 조세감면건의

ㅇ 기존 감면의 축소․폐지 등 재원조달방안이 제시되지 않는 경우

ㅇ 조세지원 외의 방법(예산․금융․기금 등)으로 목적달성이 가능한 경우

ㅇ 조세지원의 기대효과가 불분명하다고 판단되는 경우

ㅇ 조세감면건의서 제출시 해당 분야 전문연구기관의 의견서를 첨부(｢국가재정법 시행령」 §42)하지 않은 경우 등

ㅇ 매년 반복 건의 또는 최근 국회에서 심의되어 부결되었던 건의

2		조세감면평가서 제출

□ 제출대상 감면제도

ㅇ ① 일몰이 도래하거나 ② 시행 후 2년이 경과하지 않은 조세특례 및 ③ 기존 조세특례를 확대하려는 사항에 대해 조세감면평가서를 작성 (｢조세특례제한법 시행령｣ §135)

□ 조세감면평가서 검토 기준

ㅇ 감면평가서 제출대상 중 조세감면평가서 미제출, 조세감면의 효과 등이 불명확한 제도는 우선적으로 축소․폐지

3		향후 일정

□ 각 부처가 제출한 조세감면건의서 및 평가서를 분석․평가 후 부처협의를 거쳐 ｢조세특례제한법｣ 개정안 마련

ㅇ (4월말) 조세감면건의서 및 조세감면평가서 접수

※ 한․미 FTA로 인한 행정절차법 개정(‘12.3.15 시행)으로 입법예고기간이 확대(20일→40일)되어 제출기간 단축이 불가피

ㅇ (5월말) 감면제도 평가․분석 및 관계부처 실무협의

ㅇ (6월말) ｢조세특례제한법｣ 개정안 초안 마련

ㅇ  (7～8월) ｢조세특례제한법｣ 개정안 확정 및 국회 제출

※ 조세감면건의서․검토서는 정기국회에서 세법심의자료로 활용될 예정이므로 조세감면목적․정책효과, 예상세수효과, 재원조달방안 등이 명확히 드러나도록 작성

별첨 1		조세감면건의서 양식

(앞면)

①	일련 번호	-			- - -
②	부(청)		조 세 감 면 건 의 서
③	제 목
④	건 의 내 용
⑤	조세감면의 필 요 성 및 정 책 효 과
⑥	연도별 예상 세수효과		도입첫해	2년 후		3년 후
⑦	재원 조달방안
⑧	조세지원이외 재정, 금융등 지 원 내 용
⑨	참고 및 설명자 료 목 록

담   당  :   ○  ○  ○  국   국  장   ○  ○  ○

○  ○  ○  과   과  장   ○  ○  ○  (Tel :           )

○  ○  ○  과   사무관   ○  ○  ○  (Tel :           )

유관기관 :

(뒷면)

작 성 요 령

1.  ①란에는 조세감면건의서의 제출연도와 우선순위를 다음의 예에 따라 기재합니다. (예 : 일련번호 09 - 1)

2. ②란에는 조세감면건의서를 제출하는 기관명을 기재합니다.

3. ③란에는 제목을 사업별․목적별로 구분하여 기재합니다.

4. ④란에는 어떠한 내용의 감면을 건의하는지를 간략히 기재하며, 현행․개정안 조문대비표등 자세한 내용은 별지로 작성합니다.

5. ⑤란에는 조세감면의 필요성 및 계량화된 경제정책효과를 간략히 기재하며, 자세한 내용은 별지로 작성합니다.

6. ⑥란에는 향후 3년간 예상되는 세수감소액 ․산출근거를 적고, ⑦란에는  기존감면제도 폐지․축소등 재원조달방안을 연도별로 간략히 기재하되, 상세내용은 별지로 첨부합니다.(축소․폐지대상감면제도는 평가서 첨부)

7. ⑧란에는 조세지원 이외의 재정, 금융 또는 기금 등의 지원여부에 대한 설명과 지원금액을 간략히 기재하며, 자세한 내용은 별지로 작성 합니다. (현재 지원건의 중인 경우에는 그 건의내용을 기재합니다)

8. ⑨란에는 외국의 사례 및 각종 관련 통계자료등 조세감면건의에 대한 이해를 돕기 위해 필요한 자료의 목록을 기재하고, 자세한 내용은 별첨하여 제출합니다.

9. 앞면 하단의 유관기관란에는 조세감면건의와 관련된 기관명을 3개 이내에서 기재합니다.

10.  본 건의서를 작성함에 있어서 계량화된 수치를 제출할 수 없을 경우에는 그 구체적인 이유를 해당항목에 기재합니다.

11.  조세감면건의서의 작성과 관련된 의문사항은 기획재정부 세제실 조세특례제도과(☎02-2150-4131～4134)로 문의하여 주시기 바랍니다.

별첨 2		조세감면평가서 양식

(앞면)

				- - -
①	부(청)	조 세 감 면 평 가 서
②	제 목
③	조 세 지 원 제도에 대한 총괄적 평가
④	조 세 지 원 실 적	•당초 건의시	연간 억원
		•실제 도입후	년 억원
⑤	조세지원 전후 경제적 효과 비 교	•당초 건의시
		•실제 도입후
⑥	조세지원이외 재정, 금융 등 지 원 실 적
⑦	참고 및 설명 자 료 목 록

담   당  :  ○  ○  ○  국   국  장   ○  ○  ○

○  ○  ○  과   과  장   ○  ○  ○  (Tel :           )

○  ○  ○  과   사무관   ○  ○  ○  (Tel :           )

유관기관 :

(뒷면)

작 성 요 령

1. ①란에는 조세감면평가서를 제출하는 기관명을 기재합니다.

2. ②란에는 제목을 사업별․목적별로 구분하여 기재합니다.

3. ③란에는 조세지원제도의 축소 및 폐지 여부등에 대한 의견 및 이유를 간략히 기재하며, 자세한 내용은 별지로 작성합니다.

4. ④란에는 조세지원으로 인한 세수감소액을 도입시 예상수치와 도입후 실제 발생규모 계량화하고 그 이유를  간략히 기재하며, 자세한 내용은 별지로 작성합니다.

5. ⑤란에는 조세지원으로 인하여 변화된 경제적 효과에 대한 전후 비교 설명과 계량화된 수치를 간략히 기재하며, 자세한 내용은 별지로 작성합니다.

6. ⑥란에는 조세지원 이외의 재정, 금융 또는 기금 등의 지원실적에 대한 설명 및 계량화된 수치와 앞으로의 지원계획에 대하여 간략히 기재하며, 자세한 내용은 별지로 작성합니다.

7. ⑦란에는 외국의 사례 및 각종 관련 통계자료등 조세감면평가에  필요한 자료의 목록을 기재하고, 자세한 내용은 별첨하여 제출합니다.

8. 앞면 하단의 유관기관란은 조세감면평가와 관련된 기관명을 3개 이내에서 기재합니다.

9. 본 평가서를 작성함에 있어서 계량화된 수치를 제출할 수 없을 경우에는 그 구체적인 이유를 해당항목에 기재합니다.

10. 조세감면평가서의 작성과 관련된 의문사항은 기획재정부 세제실 조세특례제도과(☎02-2150-4131～4134)로 문의하여 주시기 바랍니다.

별첨 3		2012년 일몰도래 감면제도 현황 (101개)

번호	조문	제 목	주요 해당 부처
1	§5	중소기업 투자 세액공제	지경부(중기청)
2	§5의2	중소기업 정보화 지원사업에 대한 과세특례	지경부(중기청)
3	§6	창업중소기업 등에 대한 세액감면	지경부(중기청)
4	§8	중소기업 지원설비에 대한 손금산입 특례 등	지경부(중기청)
5	§10①1,2	신성장동력 및 원천기술 분야 R&D비용에 대한 세액공제	교과부, 지경부
6	§10의2	연구개발 관련 출연금 등의 과세특례	교과부, 지경부
7	§11	연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제	교과부, 지경부
8	§12	기술취득금액에 대한 과세특례	교과부, 지경부
9	§12의2	연구개발특구 입주 첨단기술기업에 대한 법인세 등의 감면	지경부
10	§13	중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세	지경부(중기청)
11	§14	창업자 등에의 출자에 대한 과세특례	지경부(중기청)
12	§16	중소기업창업투자조합 출자 등에 대한 소득공제	지경부(중기청)
13	§18의2②	외국인근로자에 대한 과세특례(15% 단일세율)	지경부, 고용부
14	§22	해외자원개발투자 배당소득에 대한 법인세의 면제	지경부
15	§24	생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제	지경부(중기청)
16	§25	안전설비 투자 등에 대한 세액공제	농식품부,지경부,환경부
17	§29	사회기반시설채권의 이자소득에 대한 분리과세	국토부
18	§30의3	고용유지중소기업 등에 대한 과세특례	지경부,고용부
19	§31, §32	중소기업간 통합 및 법인전환 양도소득세의 이월과세 등	지경부(중기청)
20	§33의2	사업전환 중소기업 및 무역조정지원기업에 대한 세액감면	지경부(중기청)
21	§34	기업의 금융채무 상환을 위한 자산매각에 대한 과세특례	지경부,금융위
22	§38의2	주식 현물출자 또는 교환·이전에 의한 지주회사 설립 등에 대한 과세특례	지경부
23	§38의3	내국법인의 외국자회사 주식 등의 현물출자에 대한 과세특례	지경부
24	§39	채무의 인수·변제에 대한 과세특례	지경부
25	§40	주주 등의 자산양도에 관한 법인세 등 과세특례	지경부
26	§44	재무구조개선계획 등에 따른 채무면제익에 대한 과세특례	지경부
27	§45	감자에 대한 과세특례	지경부
28	§46	기업간 주식 등의 교환에 대한 과세특례	지경부
29	§47의3	벤처기업의 합병시 이월결손금의 승계에 대한 과세특례	지경부(중기청)
30	§47의4	합병에 따른 중복자산의 양도에 따른 과세특례	지경부
31	§52	금융기관의 자산·부채 인수에 대한 법인세 과세특례	금융위
32	§55의2	자기관리부동산투자회사 등에 대한 과세특례	국토부
33	§64	농공단지 입주기업 등에 대한 세액감면	지경부(중기청)
34	§66	영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등	농식품부
35	§67	영어조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등	〃
36	§68	농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등	〃
37	§69	자경농지에 대한 양도소득세의 감면(농업법인 양도분)	〃
38	§72	조합법인 등에 대한 법인세 과세특례	행안부,농식품부 공정위,금융위, 중기청
39	§74①	비영리법인에 대한 고유목적사업준비금의 손금산입특례	교과부,문광부,복지부
40	§74④	지방 시군소재 비영리의료법인에 대한 고유목적 사업준비금 손금산입	복지부
41	§77	공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면	국토부
42	§77의2	대토보상에 대한 양도소득세 과세특례	국토부
43	§85의2	행정중심복합도시·혁신도시 개발예정지구 내 공장의 지방이전에 대한 과세특례	국토부
44	§85의3	기업도시개발사업구역 등 안에 소재하는 토지의 현물출자 등에 대한 법인세 과세특례	국토부
45	§85의4	경제자유구역 개발사업을 위한 토지의 현물출자에 대한 법인세 과세특례	지경부
46	§85의7	공익사업을 위한 수용등에 따른 공장이전에 대한 과세특례	국토부
47	§85의9	공익사업을 위한 수용 등에 따른 물류시설이전에 대한 과세특례	국토부
48	§85의10	국가에 양도하는 산지에 대한 양도소득세의 감면	농식품부(산림청)
49	§87	장기주택마련저축 등에 대한 비과세 등	국토부, 금융위
50	§88의5	조합 등 출자금에 대한 과세특례	행안부, 농식품부, 금융위
51	§89의3	조합 등 예탁금에 대한 저율과세 등	행안부,농식품부, 금융위
52	§91의4	투융자집합투자기구 주식 등의 배당소득에 대한 과세특례	국토부
53	§91의13	녹색저축에 대한 과세특례	총리실, 환경부
54	§94	근로자복지증진을 위한 시설투자에 대한 세액공제	지경부, 복지부, 국토부,
55	§101	중소기업 최대주주 등의 주식 할증평가 적용특례	지경부(중기청)
56	§102	산림개발소득에 대한 세액감면	농식품부(산림청)
57	§104의12	신용회복목적회사에 대한 과세특례	금융위
58	§104의14	제3자물류비용에 대한 세액공제	국토부
59	§104의20	산업단지 개발사업 시행에 따른 양도소득세 과세특례	국토부
60	§104의24	해외진출기업의 국내복귀에 대한 세액감면	지경부
61	§105①3	국가 및 지자체 등에 공급하는 도시철도건설용역 등에 대한 부가가치세 영세율	국토부
62	§105① 3의2	사회기반시설의 건설용역 부가가치세 영세율	국토부
63	§106①1	도서지방의 자가발전용 석유류 부가가치세 등 면제	지경부
64	§106①2	공장·학교 등의 급식용역제공에 대한 부가가치세 면제	교과부, 지경부
65	§106①3	농 ·어업경영 및 농·어 작업의 대행용역에 대한 부가가치세 면제	농식품부
66	§106①8	학교시설 이용 제공 재화·용역에 대한 부가가치세 면제	교과부
67	§106①9	천연가스버스 공급에 대한 부가가치세 면제	환경부
68	§106①12	임산물중 목재펠릿에 대한 부가가치세면제	농식품부(산림청)
69	§106②11	여수세계박람회 사용 물품 수입에 대한 부가가치세 면제	국토부
70	§106②14	세계자연보전총회 관련 시설 물품에 대한 부가가치세 면제	환경부
71	§106의3	금지금에 대한 부가가치세 과세특례	지경부,국세청
72	§106의5	고금에 대한 의제매입세액공제 특례	지경부,국세청
73	§109	하이브리드 자동차에 대한 개별소비세 감면	지경부, 환경부
74	§109의3	여수세계박람회용 물품에 대한 개별소비세 면제	국토부
75	§111①2	도서지방 자가발전용 석유류에 대한 개별소비세 면제	지경부
76	§111의2	경형자동차 연료에 대한 개별소비세 환급	지경부,환경부
77	§111의3	택시연료에 대한 개별소비세 면제	국토부
78	§116① 5,6,7,9,11	농·어민 지원을 위한 인지세 면제	농식품부
79	§116①19	창업중소기업의 융자서류에 대한 인지세 면제	지경부(중기청)
80	§116①21	여수세계박람회 지원을 위한 인지세 면제	국토부
81	§116①24	2012세계자연보전총회 지원을 위한 인지세 면제	환경부
82	§117① 1,2,2의2 ,2의3	중소기업 지원을 위한 증권거래세 면제	지경부(중기청)
83	§117①16	금융지주회사의 주식교환시 증권거래세 면제	금융위
84	§118①10	디지털TV 방송장비 수입에 관한 관세경감	방통위
85	§121의8	제주첨단과학기술단지 입주기업에 대한 법인세 등의 감면	국토부
86	§121의9	제주투자진흥지구·자유무역지역 입주기업에 대한 법인세 등의 감면	국토부
87	§121의10	제주첨단과학기술단지 입주기업 수입물품 관세 면제	국토부
88	§121의11	제주투자진흥지구 입주기업 수입물품 관세 면제	국토부
89	§121의14	제주특별자치도 소재 골프장에 대한 개별소비세 등 과세특례	국토부
90	§121의17	기업도시개발구역 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면	국토부
91	§121의18	관광레저형 기업도시 내 골프장에 대한 개별소비세 감면	국토부
92	§121의20	아시아문화중심도시 투자진흥지구 입주기업 등에 대한 법인세 등의 감면	문광부
93	§121의21	금융중심지 내 창업기업 등에 대한 세액감면	금융위
94	§122의3	성실사업자에 대한 교육비․의료비 공제	국세청
95	부가세법 §22②	법인사업자의 전자세금계산서 미발급 및 지연발급에 대한 가산세 감면	국세청
96	부가법 §32의2ⓛ	신용카드 발급세액 우대 공제율 적용	농식품부,지경부
97	부가세령 §26ⓛ8	외국인 환자 국내 의료기관 유치용역 영세율 적용	복지부
98	부가세령 §33ⓛ12	신용정보회사 채권추심용역 면세	금융위
99	소득세법 §104⑥ (제9270호) 부칙§14	2012년까지 취득 또는 양도한 다주택자 및 비사업용 토지에 대한 양도세 중과 유예	국토부
100	법인세법 §55의2⑧ (제9673호) 부칙§4	2012년까지 취득 또는 양도한 토지 등에 대한 양도세 중과 유예	지경부,국토부
101	관세법 §91 4호	임상시험용 의약품 중 시험약 관세 감면	복지부